Alla fine ho optato per una soluzione più drastica: da Linux (con GParted) ho cancellato la partizione di Windows e ho lasciato lo spazio non allocato. Quindi ho reinstallato Windows lasciando che fosse lui a crearsi le sue partizioni. Infatti ha creato anche quella da 500 MB riservata al sistema. Una volta terminato tutto, il problema non si è più presentato.