Ciao. Le stranezze del server in questione a volte sono a dir poco fastidiose.
Usi FTP client per l'upload dei file?
Hai mica usato, anche una sola volta, l'editor nel loro pannello di controllo, magari per modificare velocemente il codice della pagina che ora è compromessa?
Allora, fuori dal server prendi la pagina buona, la copi, esegui le modifiche che servono, e la metti nella directory che ti serve con FTP client.