Il file del db non può essere messo nel jar per poter essere usato direttamente lì dentro il jar (se è questo che hai fatto ed ho capito bene).
Spetta a te produrre e fornire un qualche sistema di "installer" oppure eventualmente rendere un po' più smart la tua applicazione in modo che sia in grado di creare/inizializzare il file del db al primo uso.
Inoltre tieni presente che db/database.sqlite è un path "relativo" alla directory corrente, quindi se il tutto funziona o no dipende da come/da dove avvii la applicazione.
Alla fine ci sono riuscito. Era un problema di configurazione del path: mi cercava il db in un'altra directory. grazie per la risposta