App.Path può non andare più bene, dipende per cosa lo usi.

Ad esempio, a partire da Vista in poi, i programmi installati non hanno più i diritti di modifica nelle cartelle di sistema, come ad esempio la cartella Programmi (C:\Program Files e C:\Program Files (x86), quindi se usavi App.Path per aggiornare i file allora non va più bene.

Significa che la 'musica' è cambiata radicalmente rispetto ad XP.

L'applicazione va sempre installata in Programmi, ma TUTTI i file che l'applicazione deve modificare (database locali, file INI, ...) , devono essere installati in cartelle differenti che dipendono dal tipo di applicazione installata:
1) se l'applicazione viene installata per più utenti dello stesso PC, e la configurazione è comune a tutti, allora si usa:

C:\ProgramData\CartellaTuaApplicazione


2) Se invece ogni utente deve avere la propria configurazione, allora si usa:
C:\Users\NOME_UTENTE\AppData\Roaming\CartellaTuaAp plicazione

Qui trovi un progetto di esempio fatto molto bene:
VB code to get the Path of Special Folders in Windows XP
http://www.thescarms.com/VBasic/SpecialFolders.aspx

Ovviamente, se distribuisci la tua applicazione, il setup deve prevedere di installare i file nelle cartelle corrette. Ogni Installer serio dispone già di queste costanti pronte all'uso quindi non è difficile.
E' scontato che anche la tua applicazione deve essere programmata in modo da sapere dove sono installati i file che poi dovrà modifiche.