Allora non vuoi un consiglio ma una guida punto per punto
Se quella è la lingua principale, non è necessario creare una directory /en altrimenti avrai due pagine (root e /en) con contenuti duplicati e quindi dovrai come minimo inserire un canonical in entrambe.
Oppure puoi fare una root diversa da qualsiasi pagina, per esempio con dentro solamente un indice.
Per il resto bisogna seguire le esigenze dei tuoi visitatori, non quelle del motore di ricerca!