Non dovresti cambiare nulla.
MariaDB può sostituire "senza pietà" MySQL praticamente in ogni caso, senza dover far assolutamente nulla (anzi, in molte distro linux moderne MySQL non c'è più a favore di MariaDB).
Nota che "maria" è il nome della figlia dell' inventore di MySQL, che ha fatto un fork, quindi è il "vero" MySQL.

Per il resto fai come preferisci, ma per quanto ne so la ricerca full text di mysql fa proprio pena, e soprattutto funziona - come detto - SOLO sulle tabelle myisam (salvo smentite), che sono pessime per qualsiasi cosa (in particolare non ti consentono di fare i backup e i restore mentre vengono usate, più altre mille limitazioni che però non conosco bene).

sphinx invece, con la sua interfaccia legata a MariaDB, lo usi da applicazione (tipo PHP) come fosse una normale tabella mysql.
Ma forse mille volte più veloce in interrogazione, poi del tipo "google" (cerca pippo and pluto oppure pippo or pluto, o pippo e basta etc).