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Risolto!
var count = Object.keys(jsonObject.values).length;
Bene.
E' chiaro che di per sé l'oggetto principale ha solo due proprietà (type e values), ecco perché count ti dava sempre 2.

Giusto per chiarezza:
dal momento che values è un array (non un oggetto) puoi usare direttamente length senza interpellare il metodo keys(). Infatti quel metodo ti sarebbe servito se tu avessi dovuto contare le proprietà di un oggetto, ma è ridondante se devi contare semplicemente gli elementi di un array (anche se il risultato è lo stesso).
codice:
var count = jsonObject.values.length;