allora, sempre non testato:

Codice PHP:

$prec = '';
$results = [];

foreach($query as $q)
{
    if($prec != $q['magazzino_codice'])
    {
         $results[$q['magazzino_codice']] = [];
         $prec = $q['magazzino_codice'];
     }

    $idListino = $q['listino'];
    $results[$q['magazzino_codice']]['listino_'.$idListino] = $q['listino_modificato'];

}

print_r($results) 
dovresti trovare un array del tipo:

Codice PHP:

"articolo_1" => [
   "listino_1" => XX,
   "listino_2" => YY
],
"articolo_2" => [
   "listino_1" => ZZ,
   "listino_2" => JJ
]...,...,...