Beh, includere un file contenente la struttura completa di una pagina HTML in un'altra pagina HTML non la vedo una cosa buona, ti ritrovi i tag <html>, <head>, <body> duplicati.
Nel file di cui fai l'include_once() metti solo da <script> a </script> inclusi, il resto no e l'include_once() mettilo subito prima di </body> nei file in cui lo vuoi includere.