Normalmente queste cose si sistemano a livello di sistema di build... in genere basta modificare le proprietà del progetto/una variabile nel Makefile/un qualcosa nel sistema di build che usi per aggiungere sulla linea di comando del compilatore l'opzione che gli dice dove andare a cercare gli include. Tieni comunque conto che condividere lo stesso source tree tra diversi progetti (potenzialmente compilati con opzioni differenti) può non essere banalissimo (e in ogni caso, o si tratta di librerie header-only o comunque devi inventarti qualche sistema per compilare al volo la tua copia della libreria e/o tenere buona una copia già compilata).