Intanto sono più domande ... per le pagine internet è meglio rinviare ad altra discussione.

Per i file in C puoi aprirli in binario ("rb" o "wb") e gestire byte per byte.

Ogni file di un certo tipo (pdf, xls, doc, exe, ...quello che vuoi) ha una struttura propria. Per gestirli correttamente (e non corromperli) devi rispettare tali strutture, secondo le regole imposte da chi ha creato il formato.