Innanzitutto ti chiedo a cosa serve dentro al metodo ElementiUguali() il controllo:
if(j!=indice)...
indice è la riga della matrice, e in questo caso j è il contatore della colonna, quindi come risultato ottieni che conta non si incrementa quando l'elemento cercato si trova sulla diagonale della matrice, era quello che volevi?
Comunque l'errore principale è nel metodo Duplicati (a proposito ti consiglio di seguire la notazione convenzionale di java: i nomi dei metodi e delle variabili dovrebbero iniziare con la minuscola, in un recente post [http://forum.html.it/forum/showthrea...readid=2932288] il nostro moderatore LeleFT ha fatto un riassunto utile nel messaggio 8, dacci un'occhiata):
se il primo elemento della riga appare esattamente due volte, trovato è uguale a true, quindi entri nell'if e setti anche riga_trovata a true (e quando riga_trovata è true giustamente non controlli più le righe successive, ma invece di porlo come condizione nell'if sarebbe molto più sensato ritornare true nel metodo appena trovi una riga con tutti duplicati).
Quindi riga_trovata deve diventare true solo se tutti gli elementi della riga sono stati trovati esattamente due volte, e questo lo ottieni semplicemente posizionando il blocco if(trovato).... fuori dal ciclo interno, cioè nel ciclo esterno, quello che riguarda le righe.
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