Io per creare i file .jar uso il comando:

jar cmf manifest.txt NomeJar.jar Classe.class

Con questo comando il file manifest si genera automaticamente dal file manifest.txt (che deve essere il primo argomento del comando).Dentro al file manifest.txt scrivo:

codice:
Main-Class: Classe
Attento a questo: dopo la riga Main-Class ... lascio una riga vuota, perché se non la lascio e provo ad eseguire il file .jar, ottengo l'errore:

nessun attributo manifest principale in NomeJar.jar

Non sono un esperto e non saprei consigliarti di meglio, prova a fare così intanto