Ciao, non è chiaro cosa vuoi ottenere di preciso. Position absolute slega il footer dal normale flusso dei contenuti, quindi è normale che gli altri elementi gli "scivolino" sotto, a prescindere dall'impostazione in percentuale.

Spiega meglio ciò che vorresti ottenere. Nel caso, posta il codice in cui riscontri il problema o, meglio, posta un link alla pagina pubblica se possibile.