Non sono assolutamente un esperto, ma ultimamente mi sono trovato nella tua stessa situazione di dover scegliere tra mysqli e pdo.
Quindi mi sono messo un po' a leggere e sembra che il pdo sia più prestante.
Tra l'altro, non so se ti può interessare, con pdo puoi gestire anche le transaction con exception.
Per farla breve, alla fine ho optato per PDO.