Ho risolto, riassumo come:

Ho utilizzato Netbeans 8.1 e Wamp 2.5

Ho installato il composer che, per poter funzionare, necessita che nei due file php.ini contenuti in bin/apache e bin/php sia decommentata la linea:
extension=php_openssl.dll
Inoltre è necessaria la versione di php5.5 minimo(già inclusa in wamp 2.5).
Oltre a quello ho dovuto mettere nel path il file php.exe
Fatte queste operazioni, in netbeans, basta dirgli dove reperire il composer e lo skeleton.
Dopo tutto ciò è possibile generare un nuovo progetto php scegliendo come frameworks Zend2, penserà netbeans direttamente a generare tutte le dipendenze e vi ritroverete la struttura pronta per poter lavorare.

Roberto