Avevo capito benissimo la tua situazione. Ci sono passato.
Nel tuo caso se ad esempio il programma A si trova in f:\program\A e B in f:\program\B per accedere da A a B farai ..\B
Se poi i programmi, come è capitato a me, sono fatti un po' così da aver bisogno del percorso assoluto per funzionare ed il programmatore non ha voglia di sistemare non c'è molto da fare.