che c'entra l'organizzazione dei file col fatto che siano visibili o meno se l'utente è loggato? Visto che non è OOP il discorso, usa include per avere pezzi di logica comune, tra cui il check degli utenti...usa funzioni "globali"... insomma, difficile dirsi. poi per evitare l'apertura diretta potresti limitarti a bloccare l'accesso con .htaccess