finestre top-level trasparenti significa aver usato una API introdotta molto di recente per avere finestre Translucent e/o Shaped. Ma questo non c'entra con i componenti interni.
Certi componenti come JLabel sono non opachi per default mentre altri (es. JTextField) sono opachi per default.
Dal poco che hai detto comunque non sono nemmeno chiari contesto e obiettivi di ciò che vuoi fare.