Vuol dire ancora poco. DOM è solo il termine che indica il "modello ad oggetti" di un documento XML ma ci sono svariate API che usano e offrono questa tecnica di parsing di un XML.
Se hai iniziato il tutto da javax.xml.parsers.DocumentBuilderFactory allora hai usato la API di JAXP. Altrimenti precisa cosa.
Ai fini del parsing, indipendentemente dalla tecnica/API usata, la estensione di un file da parsare è del tutto irrilevante e indifferente.
Un XSL strutturalmente È un XML. Ma un XSL usa un dialetto XML ben preciso e specifico che serve per trasformare un XML in un altro documento XML, HTML o altro.
Da come hai parlato finora, vuoi fare un parsing, non una transformation.