Dalla prossima volta, consiglio di iniziare la discussione con il problema che stai cercando di risolvere, e non con la soluzione che ti sei dato da solo, ma che non funziona come vorresti.
Sentivo il dovere di pubblicare il codice da me realizzato perchè in generale non è mai ben vista una richiesta d'aiuto priva del proprio tentativo di soluzione.
Comunque va bene, seguirò il consiglio.

Sul pattern non trovo alcun riferimento in rete.

Le istruzioni ob_start() a ob_get_clean() funzionano, ma visto il loro modo di lavorare, che assomiglia più a un trucchetto da mago (reinderizzare l'output in un buffer) preferirei approfondire l'uso di eval, che ancora non sono riuscito a far funzionare.

La scelta degli iframe l'avevo fatta perchè mantengono una separazione funzionale delle pagine che compogono la pagina, quindi se ad esempio header e footer hanno elementi div con uguale id allora grazie ad iframe non ho conflitti.

Sto cercando di elaborare una soluzione "full div based", ma che deve funzionare senza problemi.