Anche lanciandolo da crontab, non ci sarebbe lo stesso time limit?
No. Ad esempio, PHP-FPM ha un parametro chiamato request-terminate-timeout, che killa la richiesta dopo tot. secondi, indipendentemente da come hai settato set_time_limit. Su Nginx si chiama fastcgi_read_timeout. Ora: potresti aumentare questi valori, ma non lo dovresti fare. Semplicemente perché script che girano a lungo non appartengono/non dovrebbero essere avviati come stai facendo attualmente.