Ho trovato una soluzione. Ora ho un altro problema: nello script ho inserito il comando che dovrebbe, in chiusura fancybox, caricare lato server un oggetto button, ma non va.

Di seguito il codice:
<%-- FancyBox --%>
<script type="text/javascript">
var refreshButton; refreshButton = '<%= FancyBox.ClientID %>';

$(document).ready(function () {
$("a[rel=cerca]").fancybox({
'width': 600,
'height': 500,
'showNavArrows': false,
'autoScale': false,
'transitionIn': 'fade',
'transitionOut': 'elastic',
'type': 'iframe',
'onClosed': function () { $('#' + refreshButton).click();}
});
});
</script>

<!-- Button utili a ricaricare la pagina quando esco dal FancyBox e torno qui -->
<asp:Button ID="FancyBox" runat="server" Text="FancyBox" style="display:none" onclick="FancyBox_Click"/>