Ho risolto così:
codice:
<script>
function nascondi()
{
   mydiv = document.getElementById('mydiv');
   mydiv.style.display = 'hidden';
}


function asd()
{
    nascondi();
    mydiv = document.getElementById('mydiv');
    mydiv.style.backgroundColor = "#cccccc";
    mydiv.style.display = 'none';
    
    
}


function hidden_it()
{
    window.setTimeout('asd()', 3000);
}
</script>
<body onload="hidden_it()">
Devo per forza caricare la function all' onLoad della pagina?