Ho risposto prima di poter leggere l'ultima parte del tuo post. La soluzione potrebbe essere quella di verificare, in fase di visualizzazione, l'esistenza dell'indice con la funzione isset():
Codice PHP:
<form>
<input type="text" value="<?php echo isset($arr['nome']) ? $arr['nome'] : '' ?>" />
<input type="text" value="<?php echo isset($arr['cognome']) ? $arr['cognome'] : '' ?>" />
<input type="text" value="<?php echo isset($arr['citta']) ? $arr['citta'] : '' ?>" />
</form>