Io userei 1 solo array per tutti i file *.err, e poi nel ciclo For controllerei l'estensione del file nell'elemento corrente e lo rinominerei di conseguenza.
In realtà per i .pdf.err basta togliere l'estensione .err, mentre per gli altri la si deve sostituire con .ini. motivo in più per controllare ogni singolo file

Per il resto:
Manipulating files and directories - The complete C# Tutorial
http://csharp.net-tutorials.com/file...d-directories/

Use regular expressions to rename files in C#C# Helper
http://csharphelper.com/blog/2014/09...-pattern-in-c/