Non hai indicato né il linguaggio, né la versione di Windows.
E' un po' difficile risponderti.
Essendo due versioni di Office diverse, di sicuro crei l'istanza di Excel può fare la differenza:
- usi late-binding o early-binding ?
In ogni caso quando esegui 'manualmente' da Prompt del DOS hai tutti i permessi (se sei administrator).
Ma se esegui 'programmaticamente' (cioè da programma eseguibile) allora la musica cambia, ed entrano in gioco le policy di Windows, i permessi sulla cartella e sul file.
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