La classe Persona, sebbene non l'hai scritta (perlomeno come si vede postata qui) granché bene come stile, tecnicamente è ok.
Sì, è contorto ed abbastanza inutile. In Java l'ordinamento degli oggetti secondo il Collections Framework si basa sulle interfacce Comparable/Comparator. E in tal senso dovresti agire a meno che ti sia stato esplicitamente chiesto di implementare da zero un algoritmo di ordinamento invece di usare quello implementato nel framework.
Dipende ... se intendi che un dipendente è es. un "manager" ed ha N dipendenti sottoposti, allora sì. Ma in tal caso forse sarebbe ancora più appropriato derivare ancora e definire es. Manager extends Dipendente e allora sì, in Manager avrebbe assolutamente senso avere i riferimenti ai "dipendenti".
P.S. prima di continuare, approfondisci la questione dell'ordinamento.