Insomma alla fine mi fate sempre scrivere una mini-guida in ogni post...
Il canonical contenete l'URL che vuoi far indicizzare va messo ovunque, sia nella pagina originale sia in tutte le eventuali "pagine doppie".
L'URL che non vuoi far indicizzare invece non va messo da nessuna parte! Se è possibile neanche nei link.
Tieni presente che per i motori è solo un suggerimento e non un obbligo.
Per esempio Google lo rispetta molto di più rispetto a Bing, il quale spesso lo ignora perché preferisce l'URL che si trova nei link o nei backlink.
In ogni caso potrai sempre cambiare idea in futuro e scambiare un URL con l'altro. L'importante è che sul motore non appaiano doppioni.