Mi sembra di aver già scritto che "normalmente si sceglie" (traduzione: "è meglio mettere") il link modificato:
Normalmente si sceglie quello che appare nel browser, nella barra degli indirizzi a pagina caricata... anche se nei link spesso c'è l'altro.
Non ho tempo di avviare discussioni accademiche, ma se sei sicuro che è scorretto mettere il canonical anche nell'originale... allora non lo mettere!
Io dico che va messo perché un'ulteriore conferma per il motore di ricerca è sempre utile e inoltre non ha assolutamente alcuna controindicazione. Se invece conosci dei motivi tecnici per i quali si sconsiglia metterlo, allora posta un link così impariamo qualcosa di nuovo. Ma ne dubito.