Il problema è dato dal fatto che, sul relativo file style.css, width e height sono applicate all'elemento input (in generale, cioè a tutti gli elementi input a prescindere dal tipo), secondo la regola:
codice:
input {
  outline: 0;
  border: none;
  width: 100%;
  height: 34px;
  color: #333333;
  font-size: 16px;
  padding: 5px 15px;
  border-radius: 3px;
}
Posso solo presumere che sia stato impostato così per agire sui campi di testo in generale, ma inevitabilmente anche checkbox e radio subiscono queste regole.

Tra l'altro su Firefox non vedo l'elemento ingrandito come su Chrome, sebbene l'area sensibile risulti comunque estesa al 100% di larghezza e 34px di altezza.

Ad ogni modo potresti risolvere, molto semplicemente, ripristinando i valori width e height per i soli campi di tipo checkbox e radio.

Sullo stesso file, in riferimento alla riga 200, hai già delle regole per tali elementi. Basta aggiungere width: initial; e height: initial; in questo modo:
codice:
input[type="checkbox"],
input[type="radio"] {
  box-sizing: border-box;
  padding: 0;
  width: initial;
  height: initial;
}
Dovrebbe risolvere.