Tu scrivi sul file blocchi di dati di dimensione diversa "le varie struct non sono tutte uguali", per la scrittura su file non comporta un problema, ma per la lettura devi sapere esattamente come è strutturato il file, la sequenza e il tipo di dati che vai a leggere, quindi la cosa si complica, dovresti tenere registrato "magari su un file secondario" la sequenza di quello che scrivi, esempio puoi attribuire un numero per ogni tipo di struct, 1-2-3-4, e su un file avrai una sequenza che registra cosa hai salvato, esempio 1113222, dovrai leggere dal file binario tre struct di tipo uno, una di tipo tre, e tre di tipo 2, in questo modo la lettura dovrebbe andare a buon fine.