Senza conoscere il codice del tuo sito è impossibile risponderti, le cause possono essere tantissime.
Da qualche parte ci sarà una qualche vulnerabilità, oppure chi l'ha fatto ha in qualche modo avuto accesso al tuo spazio ftp, oppure ancora se sei su un server condiviso l'attacco potrebbe averlo subito un altro sito sullo stesso server e da lì si è diffuso sui file degli altri siti lì ospitati.

Insomma, per noi è impossibile dirti il motivo certo di quanto avvenuto, scrivi al supporto del tuo hosting provider e fa presente la cosa, magari sanno di qualche attacco che hanno subito e se necessario daranno una ripulita in caso di virus presente sul server.