Grazie una curiosità, ho creato un progetto Maven da un pom che conteneva due progetti:
- Web
- Service

All'interno di eclipse, nel package explorer vedo i due progetti in questione e un terzo progetto che contiene anche le cartelle con gli altri due all'interno ma con una struttura a folder, non i package. Come mai? Ho eliminato questo terzo progetto in quanto mi creava solamente disturbo all'interno e tutto funziona correttamente.

Ho fatto delle prove con GitHub e mi sembra abbastanza semplice, ho creato un repository on-line di prova poi ho creato un nuovo branch in locale e in eclipse ho fatto lo switch sul branch corrente, i commit li ha fatti direttamente sul branch creato.

Grazie