Scusa ma non sono sicuro di aver capito come lo vuoi fare in dettaglio.
Comunque sì, puoi smettere di preoccuparti di ajax e dello scroll, a condizione che tutti i link (sia quelli nel footer che collegano alla pagina-mappa, sia quelli pubblicati nella stessa pagina-mappa e nelle eventuali sottopagine-mappa) siano perfettamente visibili anche quando disattivi javascript nel browser.