Su SQLserver si può tra due database nella stessa istanza a patto che l'utenza abbia i permessi sui due database.

Penso valga la stessa cosa per mySQL
Prova qualcosa tipo
SELECT A.*, B.* FROM db1.tabellaX A LEFT JOIN db2.tabellaY B ON A.idx = B.idy

Non so l' impatto sulle prestazioni

Se è un problema legato alla sicurezza gestirei meglio i permessi sulle singole tabelle al posto di fare distinti database.