Sì ma non il JFileChooser stesso! JFileChooser, quando è usato come dialog a sé stante, non viene aggiunto in un layout. Quindi non ha una connessione con un componente top-level (=finestra).
Si può ad esempio passare come "parent" il JButton la cui azione fa aprire il file chooser. Ma bisogna ricordare che la relazione di stacking parent-child è tra finestre ... non tra una finestra e un componente semplice. Se passi un JButton, Swing cerca di risalire lungo la catena dei contenitori al componente top-level (idem finestra) e quindi il parent alla fine è la finestra che contiene il JButton.
P.S. se sbirci nel sorgente di JFileChooser, all'interno del createDialog() ad un certo punto fa:
Window window = JOptionPane.getWindowForComponent(parent);


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