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in una applicazione ho trovato dei file java con estensione classx.
Personalmente, mai visti file del genere.

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Poichè non sono leggibili, presumo che siano dei file class compilati o offuscati.
Cosa intendi per "leggibili"? I file .class normali sono file binari che rispettano un formato e una specifica ben precisa. Non li puoi "leggere" con un editor (e se li apri con un editor di testo, sì, certe parti testuali sono riconoscibili).

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Sapete darmi qualche informazione in merito ed eventualmente con quale software si ottiene questo?
Potrebbe essere interessante per proteggere le proprie classi.
A livello Java, per poter caricare file .class "criptati" bisogna creare un ClassLoader custom che sfrutta una qualche API per la crittografia e che decripta lo stream criptato nello stream normale noto alla JVM solo a fronte di una qualche "chiave" che presumibilmente dovrebbe essere fornita o tramite la applicazione o l'ambiente esterno.

Non è una cosa "banale". Farlo da zero richiede solide conoscenze sugli aspetti interni dei ClassLoader e della crittografia. Ma se esistesse una libreria/tool già fatta, meglio ... ma non ho idea ora.