Non penso sia un problema di PHP, penso invece che dipenda dal codice html che inserisci usando PHP.
Visualizza il codice della pagina nel caso in cui non usi PHP e il caso in cui lo usi, fa un confronto e vedi cosa c'è di diverso nel codice HTML che compone la pagina nei due casi.
Se ancora non sei riuscito a risalire al problema, mostra i due codici e l'eventuale CSS associato.

Comunque ti sposto in CSS dato che il problema non penso sia PHP.