Secondo me i problemi sarebbero piccoli. Qualche indirizzo URL identico nella sitemap non dovrebbe comportare addirittura un rischio di penalizzazione come se fosse un eccesso di link interni! Al massimo sarebbe visto come un errore tecnico che abbassa la qualità del sito.

I veri problemi potresti averli in caso di esistenza di indirizzi URL diversi (anche di poco) che puntano a pagine web identiche e prive di redirect, questo a prescindere dalla sitemap.