Li legge separatamente e nel caso di una redirect annulla il print iniziale?
La domanda non è molto chiara.. puoi riformulare?

come faccio a non usare ob_start() per evitare il problema?
Strutturando bene la pagina, evitando di mescolare la logica dell'applicazione con la sua presentazione. Se ti poni questo problema è probabile che scrivi ancora molti spaghetti code.