Premettiamo che vuoi soluzioni da me, che per molti programmatori sono un deficiente, comunque visto che nessun programmatore ti darà soluzioni elementari ti devi accontentare

1) installo apache e php
2) Creo una pagina php, con un form dove inserire orari di accensione, valore attivo sistema o spento sistema domotico
3) Il web server è sempre attivo, apache rimarrà sempre in attesa di richieste sulla porta 80, in pratica ogni volta che ti connetti
ti invierà la pagina php, ma questo lo fa semplicemente "tenendolo acceso"
4) compilato il form della pagina php o html, richiami una pagina php che provvederà a sovrascrivere il file dati, cancella e mette i nuovi dati

5) avrai creato un programma con un processo sempre in esecuzione nel linguaggio che tu conosci, che a intervalli regolari legge il file e reagisce di conseguenza inviando dati a arduino per porta seriale.

6) E' possibile che mentre il programma vuole tentare di leggere il file, tu stavi scrivendo tramite web, in questo caso, dovresti gestire l'eccezione, ossia il programma tenta di aprire il file e non è possibile, in java try{} catch{ attendo un intervallo di tempo e riprovo}


NON POSSO FARE DI PIU', DOVRESTI TROVARE UNA PERSONA INTELLIGENTE che ti spieghi meglio e ti dia soluzioni migliori, CIAO.