Perché non vuoi usare un modulo rtc?
Poi se cerchi bene arduino può fare tutto quello che dici.

Piccolo consiglio. Alla tua scheda arduino aggiungerei un piccolo sensore di umidità ,così che a prescindere da tutto può irrigare il giardino nel caso i valori di umidità del terreno siano bassi.
usa la porta seriale di arduino per testare le connessioni.
Un altro piccolo consiglio. Con funzioni timer che si possono tranquillamente implementare su arduino, potresti far si che sia arduino a chiedere al "server",al programma o raspberry il refresch dei valori che tu imposti.
Cmq bisognerebbe vedere lo schema delle connessioni prima di poterti dare un'ulteriore aiuto