Per favore, non scrivere nella sezione PHP per qualsiasi problema.
Stai chiedendo come organizzare i dati da mettere in un database, quindi la domanda va in database, non in php, non c'entra neanche con la velocità, perché la velocità dipenderà da come organizzi i dati, che non si fa con PHP.
Riproponi la domanda nella sezione database ed approfittane per dare più dettagli su come è strutturata la tabella che hai adesso.