Ciao, il menu risulta o sempre poco più alto perchè ha un top:66px. Effettivamente è corretto perchè se guardi il suo contenitore che in questo caso è il body, hanno la stessa altezza in px. Quindi l'altezza equivale al 100% del suo contenitore ma essendo spostato in basso fa quell'effetto. Quindi o lo riduci in px dinamicamente sull'apertura tanto quanto il top, oppure lo posizioni altrove.