Fossi in te prima costruirei l'array contenente ciò che vuoi e con la struttura da te scelta, ed infine userei json_encode() sull'array finito.
Così come stai facendo tu sovrascrivi continuamente le variabili $data[CodTumoreDiffuso] e $data[DescrTumoreDiffuso] e ti troverai in fondo solo l'ultimo valore estratto dal DB
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