Ciao, json_encode() è sufficiente se i dati all'interno sono corretti.
Per aver poi lato javascript un'array/object con due liste distinte ma poterlo passare una volta sola potresti mettere i 2 array in un unico array come elementi
codice:
$list_data = array($data_query_1, $data_query_2);

json_encode($list_data);
Così facendo da js avrai un object con chiavi 0 e 1 con i 2 array