Il passaggio dalla 3.5.1 alla 4.x non è possibile farlo in automatico, è necessario un intervento manuale.
Di solito funziona così col passaggio di major release, nel tuo caso da 3.x a 4.x, anche perché dovresti saltare altri aggiornamenti, 3.7 e 3.9, forse avendo fatto quelli anche il passaggio alla 4 sarebbe stato automatico.
https://wordpress.org/support/topic/...from-351-to-41
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