Suppongo che le primary key sui due db coincidano, giusto? In tal caso dovresti già essere a posto, l'inserimento di un record con primary key già presente dovrebbe impedirtelo il db di suo, senza fare altro, l'unica cosa è che dovrai vedere se l'inserimento viene semplicemente ignorato oppure se genera un errore che ti ferma lo script. Con sqlite non ho grande esperienza.
In alternativa per ogni insert metti un if per verificare prima se il record che stai inserendo esiste già.
Cancellare tutto e reinserire tutti i dati mi sembra uno spreco enorme, finché i record sono pochi ok, ma poi diventa improponibile.