I due percorsi sono inseriti dall'utente, quindi sono arbitrari ed è l'utente che deve sapere cosa sta scrivendo, ovviamente. Se un percorso è "assoluto" non ci sono dubbi. Se invece è "relativo" lo è rispetto alla directory "corrente".
E in Eclipse per default la directory corrente è quella del progetto (non della src) ma nota PUOI cambiarla nella Run Configuration.